Pozostałe dofinansowanie projektów pochodzi z innych źródeł UE np. dotacji zarządzanych bezpośrednio przez Komisję Europejską, z których realizowane są projekty międzynarodowe.
Uzupełnieniem funduszy unijnych są środki z innych funduszy pomocowych Unii Europejskiej skierowane głównie na naukę, badania i rozwój. Ważne są także środki z tzw. Mechanizmu Finansowego Europejskiego Obszaru Gospodarczego – w ramach którego Norwegia, Islandia i Liechtenstein przekazują wkład na realizację projektów o charakterze kulturalnym, edukacyjnym i społecznym. Dzięki tym środkom zmodernizowano kamienice na Starym Mieście, w których ma siedzibę Muzeum Warszawy. Pozyskano także wsparcie systemowe dla stołecznych Domów Pomocy Społecznej i przywrócono naturalne łąki nad brzegami Wisły.