Unijny Fundusz Spójności (FS), finansuje w Warszawie zarówno projekty z zakresu mobilności miejskiej, jak i większość projektów związanych z ochroną środowiska. Łączna kwota dofinansowania projektów z FS to ponad 14,6 mld zł. Priorytetem jest infrastruktura transportowa oparta głównie na niskoemisyjnym transporcie publicznym. Dlatego też największe środki przeznaczone są na rozwój komunikacji miejskiej, tak aby stała się ona dobrą alternatywą dla transportu indywidualnego. Najpopularniejszą warszawską inwestycją wspieraną ze środków FS jest budowa II linii metra i zakup nowoczesnego taboru (7,38 mld zł dofinansowania z trzech projektów). Metro jest niewątpliwie czynnikiem miastotwórczym a jednocześnie wprost wpisuje się w założenia przechodzenia na gospodarkę zeroemisyjną. Obecnie realizowany jest już III etap budowy drugiej linii metra wraz z zakupem niezbędnego taboru do jej obsługi. Ponadto, dofinansowane są projekty rozbudowy sieci tras tramwajowych, ekologiczne autobusy, kolej aglomeracyjna oraz ważne trasy drogowe.